تسبب البكتيريا، التي تتغذى على بقايا الطعام العالقة بين الأسنان، أو رائحة القهوة والسجائر، رائحة الفم الكريهة في بعض الأحيان، لكن هناك أسباب مرضية لرائحة الفم الكريهة، بعضها غير متوقع كما يلي:

- التهابات الجهاز التنفسي العلوي: كالتهاب الجيوب الأنفية، والتهاب الحلق، ونزلات البرد.

- ارتجاع حمض المعدة.

- عدم تحمل اللاكتوز: نتيجة عدم تكسر اللاكتوز تنتفخ البطن، ويتم إنتاج الغاز الذي يسبب رائحة الفم الكريهة.

- جفاف الفم: هي حالة لا تفرز فيها الغدد اللعابية ما يكفي من اللعاب، ما يؤدي إلى رائحة الفم الكريهة.

- الإصابة بمرض السكري.

- مرض الكلى: بسبب تراكم اليوريا في الدم الناتج عن خلل وظائف الكلى، تصبح رائحة الفم مصحوبة بطعم معدني