أثبتت الدراسات أن الزعتر يعتبر من أقوى الأعشاب التى تقضى على الجراثيم و البكتيريا و الالتهابات الناتجة عن الإصابة بالفطريات, و أنه مزيل للمغص و تشنج الأمعاء, و مفيد للقولون العصبى و غيره من تقلصات الأمعاء, و أنه يمنع التخمرات فى المعدة, و هو مقو عام للجسم بصفة عامة.

كما يساعد تناول الزعتر على التعرق فى حالات ارتفاع الحرارة, و يعمل كمزيل للسعال و البلغم, و لذلك يستخدم بنجاح فى علاج الربو و السعال الديكي, و توسيع الشعب الهوائية, و هو نافع جداً فى حالات الإصابة بأعراض البرد و الأنفلونزا شتاءً.
و تجميلياً يمكن استخدام الزعتر عن طريق مزجه بالمرهم أو بالفازلين الطبى و يستعمل لمعالجه البثور و حب الشباب بالجلد و تنقية البشرة, و لذلك يدخل فى تركيب بعض المستحضرات التجميلية و الصابون الطبى النافع فى وقاية البشرة الدهنية خصوصاً من الالتهاب.

و السبب فى فعاليته مع البشرة و الجلد أنه يعمل على ترقيق خلايا الدم فيسهل مرورها عبر جدران الأوعية الشعرية و لذلك فإن استخدام المغلى منه طبيعياً مفيد جداً لتنقية البشرة و تجديد خلاياها و استعادة نضارتها, و يمكن استعماله على البشرة بالمغلى منه عن طريق تبليل منشفة و استخدامها لدعك و فرك الجسم.

و يعتبر الزعتر كذلك مخدر موضعى لطيف للإصابات لذلك يستخدم فى علاج الأوجاع خصوصاً آلام الفقرات و المفاصل, و الآلام الروماتيزمية, كما يستعمل فى علاج الأكزيما و الحروق الجلدية, و شربه يساعد كثيراً فى علاج جميع أنواع الرشح و الزكام.

و من أهم الفوائد أيضاً أنه يساعد فى علاج حالات العجز عند الرجال, فهو منشط و محفز طبيعى للرغبة و زيادة الطاقة بتأثيره الرائع على الدورة الدموية بالدماغ و الجسم بشكل عام, لذلك يستخدم أيضاً فى علاج الصداع النصفى, كما يستخدم بنجاح فى علاج حالات عسر الطمث عند السيدات.